Πλήρης Αλληλούχιση γονιδίων BRCA1 & BRCA2 (NGS)
| Whole gene sequencing of BRCA1 & 2 (NGS) | |
| Κλινική χρησιμότητα | Ανίχνευση όλων των γνωστών μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1/2. Κατανόηση των πιθανοτήτων ανάπτυξης κληρονομικού καρκίνου μαστού, ωοθηκών και προστάτη. Αύξηση των πιθανοτήτων για έγκαιρη ανίχνευση και πρόληψη, καθώς και στοχευμένη θεραπεία. Αναγνώριση άλλων οικογενειακών μελών με υψηλό κίνδυνο. |
|---|---|
| Προετοιμασία εξεταζομένου | Δεν υπάρχει καμία ειδική διαιτητική απαίτηση πριν από τη συλλογή δείγματος. |
| Δείγμα | Ολικό αίμα που συλλέγεται σε σωληνάρια δειγματοληψίας που περιέχουν ως αντιπηκτικό EDTA, τηρώντας τις γενικές προφυλάξεις για τη φλεβοπαρακέντηση. 2 X 5 mL oλικό αίμα EDTA |
| Σταθερότητα δείγματος | 48 ώρες στους 20-25°C ή για 7 ημέρες στους 2-8°C. |
| Μεταφορά δείγματος | 25°C |
| Μέθοδος | Η αλληλουχία των ελεγμένων γονιδίων εμπλουτίστηκε και αλληλουχήθηκε με την πλατφόρμα NGS υψηλής απόδοσης DNBSEQ-G400. Όλα τα εξόνια, 20 ζεύγη βάσεων πριν από το 5' άκρο και 20 ζεύγη βάσεων μακριά μετά το 3' άκρο του κάθε εξονίου, έχουν αναληθεί. Σημειακές μεταλλάξεις, μικρο-ενθέσεις, απαλοιφές και διπλασιασμοί (<20bp) σε επίπεδο εξονίου μπορούν να εντοπιστούν ταυτόχρονα. Η ανίχνευση παθογόνων/πιθανώς παθογόνων μεταλλάξεων επιβεβαιώνεται με αλληλούχιση κατά SANGER. |
| Τιμές αναφοράς | Aνιχνέυθηκε παθογόνος ή πιθανώς παθογόνος μετάλλαξη. Δεν ανιχνεύθηκε καμία παθογόνος μετάλλαξη ή εντοπίστηκε μετάλλαξη αβέβαιης σημασίας. |
| Παρατηρήσεις | Περίπου το 10% των περιστατικών καρκίνου του μαστού ή/και των ωοθηκών αφορούν την κληρονομική μορφή της νόσου. Παρόλο που τα περισσότερα περιστατικά καρκίνου του μαστού ή/και των ωοθηκών είναι σποραδικά δηλαδή άνευ οικογενειακού ιστορικού, το 7% των περιστατικών με καρκίνο του μαστού και 11-15% των περιστατικών με καρκίνο των ωοθηκών, έχουν βεβαρημένο οικογενειακό ιστορικό, δηλαδή έχουν άλλα μέλη της άμεσης ή της ευρύτερης οικογένειάς τους που έπασχαν ή πάσχουν από τη νόσο. Σε αυτές τις οικογένειες η νόσος προκαλείται από βλάβες εντοπισμένες στην πλειοψηφία τους (~ 80%) στα γονίδια BRCA1 και BRCA2. Τα BRCA1 και BRCA2, ανήκουν στην κατηγορία των ογκοκατασταλτικών γονιδίων, τα οποία παίζουν καθοριστικό ρόλο στην προστασία ενάντια στον καρκίνο, καθώς διορθώνουν βλάβες που μπορεί να προκύψουν στο DNA μας, είτε τυχαία κατά τη διαδικασία συνήθων κυτταρικών διεργασιών (κυτταρική διαίρεση), είτε υπό την επίδραση εξωτερικών παραγόντων (ακτινοβολίες, χημικά). Μια γυναίκα που έχει κληρονομήσει μετάλλαξη στα γονίδια BRCA1 και BRCA2 διατρέχει πολύ υψηλό κίνδυνο για καρκίνο του μαστού (60-85%) & για καρκίνο της ωοθήκης ( 20-40%). Ο έλεγχος των BRCA1 και BRCA2 είναι μια εξέταση στοχευμένης αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS) για την ανίχνευση μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1 και BRCA2. Μεταλλάξεις σε αυτά τα γονίδια σχετίζονται με αυξημένες πιθανότητες ανάπτυξης καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών στις γυναίκες και στους άνδρες καρκίνο του μαστού και του προστάτη. Επιπλέον, μπορεί να υπάρξει αυξημένη πιθανότητα ανάπτυξης άλλων ειδών καρκίνου, όπως το μελάνωμα και ο καρκίνος στο πάγκρεας. ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΙ Ορισμένες παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNV) όπως μεγάλα τμήματα ετερόζυγων γονιδίων, ειδικές μεταλλάξεις όπως δυναμικές μεταλλάξεις, σύνθετοι ανασυνδυασμοί, δομικές παραλλαγές (απαλοιφές μεγάλων τμημάτων, αναδιάταξη διπλασιασμού και αναστροφής), ετερόζυγες ενθέσεις μεγάλων τμημάτων (Alu) καθώς και μεταλλάξεις στις γονιδιακές ρυθμιστικές περιοχές και σε εν τω βάθει ιντρονικές περιοχές δεν μπορούν να ανιχνευθούν με αυτή τη εξέταση. |
| Εκτέλεση | 4 Εβδομάδες |
