Πλήρης αλληλούχιση γονιδίου CFTR Κυστικής Ίνωσης (>99%) και Ανάλυση MLPA
| Complete NGS analysis of CFTR gene (>99%) and MLPA Analysis, Κυστική ίνωση | |
| Κλινική χρησιμότητα | Στην ανίχνευση φορίας μεταλλάξεων του γονιδίου CFTR με στόχο τη σωστή γενετική συμβουλευτική κυρίως στα πλαίσια προγεννητικού ελέγχου. |
|---|---|
| Προετοιμασία εξεταζομένου | Καμία |
| Δείγμα | Ολικό αίμα (EDTA) 2.0 mL |
| Σταθερότητα δείγματος | Για 7 ημέρες στους 2-8°C |
| Μεταφορά δείγματος | ΨΥΞΗ |
| Μέθοδος | NGS & MPLA |
| Τιμές αναφοράς | Δεν ανιχνεύθηκε παθογόνος μετάλλαξη στο γονίδιο CFTR, σύμφωνα με τις διεθνείς βάσεις δεδομένων, τα κριτήρια του Αμερικανικού Κολλεγίου της Ιατρικής Γενετικής και Γονιδιωματικής (ACMG) και με την τρέχουσα επιστημονική βιβλιογραφία. Δεν ανιχνεύθηκαν ελλείψεις και διπλασιασμοί μεγάλου αριθμού βάσεων στο γονίδιο CFTR. |
| Παρατηρήσεις |
Το kit της Agilent που χρησιμοποιήθηκε καλύπτει όλες τις εξονικές και σημαντικά ιντρονικές περιοχές και κατά συνέπεια διασφαλίζεται η ανίχνευση των γνωστών ως προς τη βιβλιογραφία μεταλλάξεων. Όσον αφορά τον έλεγχο της αναλυτικής ευαισθησίας και ειδικότητας χρησιμοποιήθηκε το INTROL CF Panel Control V.02 ως δείγμα αναφοράς, το οποίο είναι σχεδιασμένο να παρακολουθεί την ανίχνευση 38 CFTR μεταλλάξεων. Δεν είναι δυνατή η ανίχνευση νουκλεοτιδικών αλλαγών ή απαλοιφών/ενθέσεων σε ρυθμιστικές ή ιντρονικές περιοχές, πέραν των αναφερθέντων στη μεθοδολογία, καθώς και γονιδιακών αναδιατάξεων. Σε σπάνιες περιπτώσεις ενδέχεται να μην ανιχνευθεί μια παραλλαγή της αλληλουχίας λόγω πιθανής παρουσίας νουκλεοτιδικής αλλαγής στην περιοχή υβριδισμού των εκκινητών/ιχνηθετών. Η εξέταση θεωρεί ότι το αρχικό υλικό και το DNA του δείγματος ανήκει στον/στην ασθενή, και ότι το αποτέλεσμα είναι συγκεκριμένο μόνο για αυτό το δείγμα Η αναλυτική ευαισθησία και ειδικότητα για την ανίχνευση ελλείψεων και διπλασιασμών μεγάλου αριθμού βάσεων με το kit της MRC Holland είναι πολύ υψηλή όμως μπορεί να επηρεαστεί όταν SNVs ή άλλοι πολυμορφισμοί βρίσκονται στην αλληλουχία στόχο του DNA, λόγω μη καθαρότητας του δείγματος DNA , ατελούς αποδιάταξης DNA του δείγματος, χρήσης μη επαρκούς ή υπερβολικής ποσότητας του δείγματος DNA και λόγω τεχνικών προβλημάτων. Το MLPA δεν μπορεί να ανιχνεύσει αλλαγές που βρίσκονται εκτός της αλληλουχίας στόχου των ανιχνευτών καθώς και αναστροφές ή/και μετατοπίσεις που δεν επηρεάζουν τον αριθμό αντιγράφων της αλληλουχίας στόχου. |
| Εκτέλεση | 20 - 25 εργάσιμες ημέρες |
| Σημειώσεις | Η Κυστική Ίνωση (CF) είναι μια κληρονομική μονογονιδιακή νόσος που μεταβιβάζεται με αυτοσωματικό υπολειπόμενο χαρακτήρα. Φορέας θεωρείται το άτομο το οποίο έχει ένα μεταλλαγμένο αντίγραφο του γονιδίου CFTR ενώ για να εκδηλωθεί η CF, πρέπει να υπάρχουν μεταλλάξεις και στα δύο αντίγραφα του γονιδίου CFTR. Ο γενετικός έλεγχος του γονιδίου χρησιμοποιείται για να προσδιορίσει τόσο τους φορείς της CF, όσο και νεογνά και έμβρυα με τη νόσο. Η μοριακή διαταραχή της νόσου παρουσιάζει μεγάλη ετερογένεια και σε παγκόσμιο επίπεδο έχουν περιγραφεί περισσότερες από 1900 μεταλλάξεις (και συνεχώς προστίθενται καινούριες) με διαφορετική γεωγραφική και πληθυσμιακή συχνότητα. |
