Πλήρης αλληλούχιση των γονιδίων BRCA1 & BRCA2 (Medisyn)
| Complete NGS analysis of BRCA1 & BRCA2 genes, Κληρονομικός καρκίνος μαστού και ωοθηκών | |
| Κλινική χρησιμότητα | Χρησιμεύει στην
|
|---|---|
| Δείγμα | Ολικό αίμα (EDTA) 2.0 mL |
| Μεταφορά δείγματος | Ψύξη |
| Μέθοδος | NGS |
| Τιμές αναφοράς | Δεν ανιχνεύθηκε παθογόνος μετάλλαξη στα γονίδια BRCA1 και BRCA2, σύμφωνα με τις διεθνείς βάσεις δεδομένων, τα κριτήρια του Αμερικανικού Κολλεγίου της Ιατρικής Γενετικής και Γονιδιωματικής (ACMG) και με την τρέχουσα επιστημονική βιβλιογραφία. |
| Παρατηρήσεις | Παρόλο που αυτή η δοκιμή έχει σχεδιαστεί ώστε να καλύπτει όλες τις εξονικές περιοχές και κατά συνέπεια διασφαλίζεται η ανίχνευση των γνωστών ως προς τη βιβλιογραφία μεταλλάξεων στα γονίδια BRCA1 και BRCA2, είναι πιθανό να υπάρχουν μεταλλάξεις που δεν είναι ανιχνεύσιμες με την επιλεγμένη τεχνολογία ελέγχου. Επιπλέον, μπορεί να υπάρχουν άλλα κληρονομoύμενα γονίδια καρκίνου (τόσο γνωστά όσο και άγνωστα) που δεν περιλαμβάνονται σε αυτόν τον έλεγχο. Οποιοδήποτε διαγνωστικό εργαστήριο γενετικής μπορεί να παράγει ψευδώς θετικά ή ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα που μπορεί να οφείλονται σε διάφορους λόγους, συμπεριλαμβανομένων, αλλά χωρίς να περιορίζονται, σε εργαστηριακά σφάλματα που προκύπτουν κατά τη διάρκεια οποιασδήποτε φάσης δοκιμών ή λόγω ασυνήθιστων περιστάσεων (π.χ. πρόσφατη μεταμόσχευση μυελού των οστών ή μετάγγιση αίματος, γενετικός μωσαϊκισμός ή εσφαλμένη αναφορά προσωπικού ή οικογενειακού ιατρικού ιστορικού ή οικογενειακών σχέσεων). Όσον αφορά τον έλεγχο της αναλυτικής ευαισθησίας και ειδικότητας (NGS) χρησιμοποιήθηκε το SeraseqTM Inherited Cancer DNA Mix v1 της Seracare ως δείγμα αναφοράς, το οποίο είναι σχεδιασμένο να παρακολουθεί την ανίχνευση 8 μεταλλάξεων στο γονίδιο BRCA1 και 3 στο γονίδιο BRCA2. Συγκεκριμένα, η μετάλλαξη c.9342_9343insAluY (4η) στο γονίδιο BRCA2, που συμπεριλαμβάνεται στο συγκεκριμένο δείγμα αναφοράς δεν μπορεί να ανιχνευτεί με την μέθοδο που περιγράφεται, καθώς είναι εκτός της περιοχής-στόχου και ακόμα και αν ανιχνευόταν μέρος της περιοχής Alu, ο αριθμός διαβασμάτων σε αυτόν το γενετικό τόπο θα ήταν ανεπαρκής για να θεωρηθεί η ανίχνευση αξιόπιστη. Σε σπάνιες περιπτώσεις ενδέχεται να μην ανιχνευθεί μια παραλλαγή της αλληλουχίας λόγω πιθανής παρουσίας νουκλεοτιδικής αλλαγής στην περιοχή υβριδισμού των εκκινητών/ιχνηθετών. Η εξέταση θεωρεί ότι το αρχικό υλικό και το DNA του δείγματος ανήκει στον/στην ασθενή, και ότι το αποτέλεσμα είναι συγκεκριμένο μόνο για αυτό το δείγμα. |
| Εκτέλεση | 20 - 25 εργάσιμες ημέρες |
| Σημειώσεις | Προτερήματα μεθόδου Mαζική παράλληλη αλληλούχιση (massive parallel sequencing) της κωδικοποιούσας περιοχής των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 με χημεία αλληλούχισης επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing) της εταιρείας AGILENT χρησιμοποιώντας το αναλυτή DNBSeq – G400 του οίκου MGI. Όλα τα εξόνια καθώς και 20 ζεύγη βάσεων εκατέρωθεν κάθε εξονίου έχουν αναλυθεί. Σημειακές μεταλλάξεις, μικρο-εισαγωγές, απαλοιφές και διπλασιασμοί (<20bp) σε επίπεδο εξονίου μπορούν να ανιχνευθούν ταυτόχρονα. Ορισμένες παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNV) όπως μεγάλο θραύσμα ετερόζυγου γονιδίου, ειδικές μεταλλάξεις όπως δυναμική μετάλλαξη, σύνθετος ανασυνδυασμός, δομικές παραλλαγές (π.χ.: απαλοιφή μεγάλου θραύσματος, αναδιάταξη διπλασιασμού και αναστροφής), ετερόζυγη εισαγωγή μεγάλου θραύσματος (π.χ.: επαγόμενη από Alu εισαγωγή) καθώς και μεταλλάξεις στη γονιδιακή ρυθμιστική περιοχή και στην εν τω βάθει ιντρονική περιοχή δεν μπορούν να ανιχνευθούν με αυτή τη εξέταση. Η ανίχνευση παθογόνων/πιθανώς παθογόνων μεταλλάξεων επιβεβαιώνεται με αλληλούχιση κατά SANGER χρησιμοποιώντας τον αναλυτή SeqStudio Genetic Analyzer. |
